谁知道后方的物资基地、运输线、施工现场会成为日军特种部队的攻击目标，结果数量不多战斗力低下的蒙古近卫骑兵在与日本特种兵的战斗中不堪一击，不仅自己被消灭，连累中国工程兵数千人伤亡，好在中国人训练有素，表现镇定没有溃散，捡拾蒙古兵遗弃的武器与敌对射，数量较少以偷袭破坏为主的鬼子特种兵破坏了物资、工地后主动撤离。
心疼不已、一肚子怨气的中国工程兵二师师长熊厚发、副师长邵烈坤通过乌兰夫要求集团军体谅中国军队的沉重责任和实际处境，给予切实的信任和保护，要么增加掩护兵力，要不就给工程兵配发武器和装甲车辆以提高野外作战能力，否则中国军队无法置身在毫无安全、信任可言的前线承担繁重的、危险的施工、运输任务，必要时会撤回绥远。
到了这个节骨眼上哪里能说走就走呢？中国人的认真高效已经成了苏军不可或缺的获胜条件之一，没有他们就要抽出宝贵的兵力去从事繁重的施工、运输工作，这是他不能接受的。而中国人的要求也是合情合理的，他虽然鄙视这种小资产阶级的温情却必须予以解决。
他与勒霍格瓦苏仑上将紧急磋商，考虑到蒙古骑兵部队已经主力尽出伤亡殆尽，无法向中国工程部队提供掩护兵力，决定武装三分之一的中国军人，配发五千支步枪、200挺轻重机枪，每个运输车队和施工现场配备三辆装甲汽车，自己负担辎重运输队和施工队伍的安全。
苏联是工业大国武器装备并不缺乏，很快完成了工程部队的武装，恢复了运输、施工等工作，机场抢修出来38团两个大队、71团两个大队很快转场夺回丢失两天的制空权。
部队刚开始向前线重新集结，新的灾难却再次让他认识到日本人的野蛮和疯狂，就在三天前桑贝子、温都尔汗陆续爆发出霍乱、伤寒等疫情，并迅速向后方蔓延，前线部队、中国工程部队中也出现恶性痢疾，昨天接到乌兰巴托、赤塔、恰克图、乌兰乌德也有感染的报告。
据说几天前在许多人员集中地区夜间有飞机低空飞过，大量的小包装食品从天而降，被不明情况需要营养的蒙古军人、牧民、工人捡食染病，当地人没有良好的卫生习惯，致使病菌迅速在人群中传播，日本特战队的偷袭导致许多人带菌逃亡内地，引发了更大范围流行。
烈性的霍乱、伤寒在卫生条件简陋的蒙古、苏联边疆区流行引起苏联卫生机构的警惕，中国徽州爆发的人为鼠疫、霍乱、伤寒灾难中数万人死亡，苏联数名医生学者参与了救治工作，没想到眨眼间又出现在蒙古、苏联，显然是日本臭名昭著的细菌部队的特种攻击战术。
最高国防人民委员会下令封闭伊尔库茨克以东的交通运输，禁止疫区军人民众西去，派出数千医务人员进入疫区实施隔离、治疗，在收治、隔离过程中不出意料地发现鼠疫病菌、炭疽病菌在部分人群中潜伏，抓到不少携带致命黑死病的灰鼠，春夏之交正是鼠类繁殖期，交叉感染后会把病菌带到更远的地区，其危害远远大过日本师团进攻的破坏力。
惊惧之下苏联大使向日本政府提出严重抗议，同时要求国联派出调查组展开反人类立案调查，请求国际社会提供药品器材援助、防疫技术指导，对疫区进行军事封锁强制隔离，外贝加尔军区铁路沿线的驻军、农牧民不得不投入大量人力参与隔离、防疫、捕杀老鼠。
克鲁伦河受到污染，前线用水不得不从更遥远的西乌尔特等地运输，不多的蒙古人大都被隔离，繁重的运输任务、后勤保障、机场构筑等工作刻不容缓，朱可夫再次顶住乔巴山的强烈反对要求乌兰夫再调派一个绥远工程兵师进入蒙古战区支持苏军的战役准备。
乌兰夫表示中国军队可以本着国际主义的精神冒着感染疫病的风险帮助苏联红军作战，但是没有自卫能力的情况下进入战区是危险的。日军的连续行动意在孤立、削弱前线作战部队，很有可能在苏军油料弹药出现困难时发起大规模攻击。尹宝山工程兵三师就在五百公里外的锡林浩特施工可以直接赶到战场，但必须携带自己的武器装备，或由苏军配发武器。
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